В Лимассоле апостиль на СоБ проставили в КЕПО. В Пафосе должно быть аналогично.

Зы. Консульство по идее должно принимать местные документы без апостиля и перевода. Апостиль нужен для использования в других странах.

Citizen center. Аналог российских мфц

Не сможете. Чтобы продолжать пользоваться вычетом, у вас должен быть employment контракт с кипрской компанией или с permanent establishment иностранной на кипре