Кипр не является зоной Шенгена, он просто разрешил находится по этой визе, на таких же условиях как и в Шенгене. Дни проведенные на Кипре, не считаются днями в Шенгене. Проблем не должно быть, потому что для Литвы не было влета в Шенгенскую зону (может человек влетел на Кипр по нац визе, Литва про это ничего не знает)