Если трудовой договор в России с работодателем, и вы скажете что вы не являетесь налоговым резидентом, то с вас возьмут НДФЛ по ставке 30%, а не 13%. Удержанный налог можно зачитывать в вашей декларации на Кипре. Но в России с вас удержат. Оснований не удерживать по трудовому договору нет.