Я на 100 процентов не уверена, но может быть вам подойдет такой вариант. Если у жены доход ниже 19 500 евро в год, то выгодно оформить в РФ удаленный трудовой договор, указав, что вы работаете вне места нахождения работодателя. Там есть нюанс, что работодатель может на это не пойти. А если пойдет, то по идее в РФ налога не будет, так как доходы не из РФ, взносы в Пенс фонд будут, на Кипре вы эти доходы декларируете, но налог 0%, так как сумма дохода маленькая. До конца не увернна, так как сама никак не "доресечу" этот вопрос. Если на Кипре спросят, где вы работали, говорите, что в РФ и показываете адрес работодателя. Конечно, нужно быть в РФ хоть раз в году. На Кипре может быть вопрос, что вы работали на Кипре без права на работу, но вы же не в кипрской компании работали. Вообщем это вариант надо обдумать.

А компанию в Эстонии можел открыть удаленно? Или нужно ехать?

Вопрос в том можете ли вы указать, что место работы не в РФ, так как в этом случае у рос. Компании должно быть что-то за рубежом (филиал, например). Тогда довольно безопасно не удерживать налог если же вы пишете, что место работы в РФ, то налог в РФ для нерезидента будет 30%.

Это термин из НК РФ. Доходы из РФ, которые будут облагаться для нерезидента в РФ -это дивиденды и проч пассивные доходы. А это активный доход.