Получите non-dom статус в налоговой и смело себе переводите.
Не будет никаких удержаний тут.
Также получите сертификат налогового резидентства, сделайте нотариально заверенный перевод и себе в ООО в бухгалтерию его положите. Чтобы не было withholding при выплате из РФ.

Да, верно, 5%, если вложение в компанию более 100 тыс евро. Или 10%, если меньше.

Если работодатель платил вам зарплату, то должен был и Налоги удерживать и платить. Соответственно, должен был вас и в налоговой, и в SI регистрировать.