Заполнить форму (точнее две, за первую половину года и за вторую), сходить в налоговую и там заплатить. Пени будут, в налоговой все рассчитают

https://www.mof.gov.cy/mof/TAX/taxdep.nsf/All/01976A4FE4A08919C22582280036FEC0/$file/TD0601_2019.pdf?OpenElement вот тут форма

Можно через tax portal, да. Налоговая (по крайней мере лимасольская) до конца года принимает формы и оплату на месте. После только taxportal. Jcc пока не умеет в пени, только в платежи, которые своевременно перечислены

нужно было уже заплатить и за 2019 (два раза), и за первую половину 2020 по иностранным дивидендам и процентам

раз в два года нужно приезжать хотя бы на день

Не дергают по двум неделям, по моему опыту, но приезжать нужно по графику раз в два года, да.

На практике достаточно факта влета (и вылета, то есть с окупированной частью Кипра не балуемся) на остров. Честно говоря, не слышал, чтобы у кого-то аннулировали эту визу по факту отсутствия на острове, но это не показатель, конечно, совсем не прилетать не стоит.

нужно смотреть по конкретным доходам и по статусу в налоговой декларации (self employed или employee).