Нельзя выезжать более чем на 90 дней ПОДРЯД, насколько я помню.

Но тут простите, не уточнил, у вас BCS пермит?

Я вам именно это и говорю :)

А, у вас Visitor ? С ним не знаю, я именно про residence permit при официальной работе на кипрское юрлицо.

Можете поискать в тг чат CY Law , там ответят точнее.

Ну насколько я знаю, вам просто нельзя быть больше 90 дней подряд вне Кипра. Приехать на неделю и снова улететь на 3 месяца - можно.
Потом конечно эти дни не зачтут при подаче на гражданство.

Но почитайте CY Law