А аэропорту Афин есть транзитная зона для пересадки без пересечения границ шенгенской зоны

Вы не будете «заходить» в шенген, чтобы из него выйти. Вы путешествуете из страны, не входящей в Шенген, в страну, не входящую в Шенген.

В Вашем случае Вы не покидаете транзитную зону