Если билет единый (вы покупали все одной бронью и регистрация так же), то ничего в Ереване получать не надо. Берете кота и переходите в другой самолет. Просто будет еще один личный досмотр, кота опять нужно будет вытащить, клетку отдельно просветить. И все, вы снова в зоне вылета, чемодан сам перегрузится

Теряют ИЗ Пафоса, разница есть:) Потому что проблема не в Ф1, а в системе регистрации в Пафосе, которая не умеет работать со стыковочными рейсами.
В Пафос нормально довезут, скорее всего

но наш багаж, кстати, три года назад, когда переезжали и летели эгейскими, забыли в Афинах вот так же. А там и лоток кота был, и корм на первое время.. Пришлось коту сразу погружаться в местные реалии:) Чемоданы только через два дня привезли