А если сюда добавить ещё ветпаспорт, полученный на оккупированных территориях?)

Вы на северной части сейчас как оказались? У вас документ у животного какой будет, кем выдан и кем заполнен? Как животное попадёт с северной части острова в Армению или Грузию?

Конечно. Если будут любые "намёки" на это с вашей стороны (непонятный "влёт" в Турцию или ещё куда-то из "ниоткуда", скажем, ветпаспорт, выданный на севере острова при отсутствии каких-либо сведений в паспорте о том, что вы были на Кипре, и т.п.) или в результате обмена данными, который сейчас вполне существует, информация о вашем пересечении границы через Эркан окажется у пограничников республики Кипр.

Мне кажется, здесь мало кто видел, как выглядит документ животного, выданный на северной части. Мб вам стоит попросить ветеринара вам показать, что именно там будет написано. Но да, наиболее надежный вариант - вывезти по одним докам, потом сделать вообще новый документ, лучше вообще не на турецком, а потом уже ехать обратно.