Ну, хотя бы потому, что перевозка животных в багажном отсеке иногда заканчивается для животных травмами или гибелью. Например, во время транспортировки - работникам аэропорта, видимо, неважно, что они грузят - обычный багаж или животное. Или неблагоприятная температура в багажном отсеке. Честно, я не знаю, насколько такие случаи распространены, но несколько случаев гуглятся очень легко. Лично я бы не стал рисковать своим животным в этом плане, лучше уж пусть со мной в салоне будет.