Штрафа нет.
~300 евро - это и есть ПЛАТНЫЙ карантин.

Это домашний платный карантин.

Вообще все веты на Кипре говорят, что надо ждать.
И мне кажется, что это сделано для удобства таможенников/регистрирующих как раз. Чтоб они каждый раз 21 день прибавляли, а не смотрели на предыдущие прививки, просрочены они или нет и тд.

Так паспорт ЕС с прививкой, поставленной не в ЕС, не работает.

Вы ставите в ЕС паспорт новую прививку (на Кипре), ждёте 21 день, на 22ой можете лететь.

А есть ссылка на закон?

Вам повезло, значит.
Обычно смотрят прививки в зелёном коридоре.