А как именно пахнет, не канализацией?
Сталкивалась с запахом канализации при неправильно установленных трубах — при правильной установке в трубе есть "карман", который не позволяет воздуху из трубы наверх проходить.
Если воздух из трубы наверх идет, то будет вонять. Это может быть вообще любая труба — душ, раковина. Не только унитаз.