В идеале сначала окна вставить а потом уже чистовую отделку но на острове немного свои устои))

Водоэмульсионная краска конечно отмоется от плитки, немного понимаю вашу боль, тут вам только самой следить и просить укрыть, делать в нужном вам порядке так как никто париться чтобы не усрать вам безвозвратно паркет не будет)

А пойти на свежий паркет поставить «убитую» стремянку и начать ей возить туда-сюда для условного илектрикоса это вообще не вопрос, даже задумываться об этом никто не будет

Ну он же не из Сибири чтобы знать про мостик холода) можно позвать другого установщика который возьмется замерить и поставить окна на черновой проем, по крайней мере потом можно будет за раз все нюансы установки заштукатурить и закрасить а не второй раз это делать