советую обратиться к специалистам, а не изобретать.
обычно сливают бак, моют, заливают спец химией, стоит, сливают, заливают нормальной водой

есть еще многокомпонентные тесты качества воды, которые умеюь органическое загрязнение показывать умеют в том числе бактриальное

зависит от типа проблемы. если цыетение-слизь-выросла органика, то антисептик/окислитель льют.
тут важен баланс, с одной стороны чтобы бахнуло хорошо, с другой чтобы можно было сливать в канализацию и не навредил людям и сантехнике

в местых условиях главное не думать о легионелле

чтобы спать спокойно