я вижу два варианта решения этой проблемы:
1) написать автору приложения, чтобы он пофиксил, и выпустил новую версию;
2) заменить (вставить?) в декомпилированный текст код, который сортирует список, и получить из него новую DLL. думаю, это можно сделать при помощи ilasm.exe. получить код для вставки, наверное, можно, написав нужный код на C# (J# ?), например, и декомпильнув получившуюся DLL. или, наверное, есть ещё какой-то более простой способ получения CIL из высокоуровневых языков...

2. к сожалению, я простой программист на C#, и не знаю внутренней кухни .NET настолько глубоко :) но беглый поиск в Гугле даёт надежду, что вариант с ilasm.exe должен сработать... и не важно, что в бинарном виде представляет собой "DLL для .NET". хотя могу ошибаться — не проверял...