Разово нельзя отсутствовать на Кипре более 90 дней и суммарно за год 180 дней.

Уезжал почти на 90 дней за раз, потом в течение года тоже на небольшие периоды покидал Кипр. Вопросов ко мне не возникало как со стороны пограничников, так и со стороны мигрейшена

Если отсутствовать за год суммарно более 180 дней, теряется налоговое резиденство. Отсюда и ограничение на 180 дней.