Вот только ИП на 6% (и 15% тоже) сидит на упрощенной системе налогообложения (может сидеть кто угодно, как резидент, так и не резидент), но упрощенная система налогообложения не покрывается соглашением об избежании двойного налогообложения между Кипром и Россией. Доходы ИП, сидящего на упрощенке в России, который при этом является налоговым резидентом Кипра = доходы физлица на Кипре и являются предметом Income Tax по прогресивной шкале. Другой вопрос, что пока Кипрская налоговая на это не смотрит и когда до нее это дойдет - большой вопрос.

Ну в данном конкретном случае теряет не РФ, а Кипр, В России 6% заплачено и у России претензий нет. А вот у Кипра могут быть, 35% на дороге не валяются. Только вот когда Кипр разберётся с автоматическим обменом и начнёт его реально использовать - большой вопрос. А так у нас некоторые клиенты декларируют на Кипре доход от ИП в России, так что как факт Кипр в курсе, что такое бывает

Ещё раз, тот факт, что ИП регистрируется по месту жительства, не означает, что уехав за рубеж ИП теряет право применения упрощенки. http://base.garant.ru/72146138/

Соидн тут не причём. Соидн не покрывает упрощённую систему налогообложения в целом, вот это важно

Применяется, ну отправил же ссылки