Слушайте, не парьтесь. Ну получили вы визу в Словакию. Под бронь, все честно. Потом срочно понадобилось на Мальту. Вам новую, что ли, получать? :) Так у вас даже заявление не примут. Нормальная честная история. Все будет хорошо. По шенгену можно ездить в другие страны, в том числе в первый раз. Главное - чтобы не было ощущения, что вы намеренно получили визу в стране Х для поездки в страну Y. Вопрос задать могут, но вышеописанный ответ всех устроит.