а тут скорее всего даже в самолет не посадят

может быть прокатит, если докажете, что страна основного места пребывания - Словакия

а въезд в шенген через Мальту )

а это как? Для получения визы нужна бронь отеля и виза выдается начиная с этой даты.

Вообще в шенгене есть два правила получения визы - страна основного места пребывания и страна первого въезда. Второе применяется когда неприменимо первое